Багульник болотный является ядовитым растением, поэтому применять его надо с осторожностью и не нарушать рекомендаций использования.
В качестве лекарственного средства применяют облиственные побеги багульника болотного длиной до 10 см. Все части багульника, кроме корней, содержат эфирное масло (об этом говорит характерный смолистый запах растения).